A 3ªtemporada de ‘Stargate Atlantis’ vai trazer algumas revelações supreendentes principalmente em ‘Common Ground’, um episódio especial em que Sheppard (Joe Flanigan) e um Wraith (espécie alienígena que se alimenta da raça humana) formam uma improvável aliança contra um inimigo comum. Podemos também assistir ao retorno do Wraith conhecido como Michael (Connor Trinneer) que, na segunda temporada, tinha sido a cobaia da equipa Atlantis para a experimentação de um retro-vírus desenhado para tornar a espécie Wraith em humanos. Nos novos episódios esta personagem vai desempenhar um papel de relevo para o desenrolar da história.

O episódio ‘Sunday’ vai trazer a revelação mais surpreendente e dramática de toda a série: a morte de um dos principais membros da equipa Stargate. Após uma violenta explosão em Atlantis, o Dr. Carson Beckett (Paul McGillian) fica gravemente ferido e acaba por morrer.

A 4ª temporada de ‘Stargate Atlantis’ vai trazer novas aventuras e histórias: com a ZPM (Zero Point Model) estragada e a ficar sem energia, Atlantis começa automaticamente a descomprimir, a desligar a gravidade artificial provocando o colapso dos seus campos protectores. Com toda a equipa em perigo, Rodney McKay (David Hewlett) é a personagem desafiada a dar o seu máximo para encontrar uma maneira de salvar Atlantis da sua destruição. Entretanto, Lt.Col.Sheppard (Joe Flanigan) vai liderar a sua equipa até ao centro do planeta de Replicator numa missão arriscada cujo objectivo principal é roubar uma ZPM para ressuscitar a já quase morta Atlantis.

Mais tarde, durante uma viagem exploratória a um novo planeta, Sheppard encontra um estranho e brilhante cristal no qual, sem saber porquê, tem de tocar. Com isto, Sheppard torna-se o portador de uma forma de energia infecciosa, levando toda a equipa a ter constantes pesadelos. Com quase todas as pessoas em Atlantis afectadas por um vírus causados de amnésia, McKay encontra-se preso à sua secretária com cartas secretas na mão e sem se lembrar de quem é ou o que aconteceu.